From 7314b65897409b5cb195730eed8927ee0153a8cf Mon Sep 17 00:00:00 2001
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Date: Fri, 5 Nov 2021 11:53:55 +0100
Subject: convert fs acronyms to citations

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@@ -31,8 +31,8 @@
 }
 
 % Hyperlinks
-\usepackage[hyphens]{url}
-\usepackage[hidelinks]{hyperref}
+\usepackage{xurl}                % allow word break for url wrapping
+\usepackage[hidelinks]{hyperref} % create invisible clickable links
 
 % Bibliography
 \usepackage[nottoc]{tocbibind}  % add link to table of contents
@@ -71,6 +71,14 @@
 % Style
 \setlength{\parskip}{.3em} % space between paragraphs
 
+% Custom commands
+\newcommand{\btrfs}{BTRFS~\cite{rodeh2013btrfs}}
+\newcommand{\erofs}{EROFS~\cite{gao2019erofs}}
+\newcommand{\hptfs}{HPTFS~\cite{zhang2006hptfs}}
+\newcommand{\ltfs}{LTFS~\cite{pease2010linear}}
+\newcommand{\squashfs}{SquashFS~\cite{lougher2009squashfs}}
+\newcommand{\udf}{UDF~\cite{optical2003universal}}
+
 %--------------------------------------- Content ---------------------------------------%
 
 \title{Système de fichiers pour le stockage d’informations numériques sur ADN}
@@ -115,7 +123,7 @@ Il lui suffit de demander de lire ou écrire les données du bloc $n$
 et c'est le contrôleur du périphérique lui-même qui se charge de retrouver l'emplacement physique de ce bloc logique.
 
 Pour des supports plus spécifiques, il est assez fréquent que les systèmes de fichiers soient conçus exclusivement pour eux.
-C'est par exemple le cas pour les bandes magnétiques avec \ac{hptfs} et \ac{ltfs} ou les disques optiques avec \ac{udf}.
+C'est par exemple le cas pour les bandes magnétiques avec \hptfs\ et \ltfs\ ou les disques optiques avec \udf.
 Ces systèmes seront parfaitement adaptés à leur support et pourront donc pousser plus loin certaines optimisations.
 
 \subsection{Fonctionnalités et caractéristiques}
@@ -126,16 +134,16 @@ Nous n'introduirons ici que celles qui nous seront utiles pour la suite.
 
 \paragraph{Type d'accès}
 Un système de fichiers peut être accessible soit en lecture uniquement (\ac{ro}),
-comme c'est le cas d'une bonne partie des systèmes compressés (SquashFS, \ac{erofs}, etc~\textellipsis),
+comme c'est le cas d'une bonne partie des systèmes compressés (\squashfs, \erofs, etc~\textellipsis),
 soit en lecture et écriture (\ac{rw}) pour la grande majorité des autres systèmes.
 
 \paragraph{Compression}
 La compression peut avoir plusieurs intérêts pour un système de fichiers.
 Elle peut bien-sûr permettre de réduire l'espace pris sur le support
-et c'est ce cas d'usage que SquashFS tente d'optimiser.
+et c'est ce cas d'usage que \squashfs\ tente d'optimiser.
 Mais elle peut aussi servir à accélérer les opérations de lecture et d'écriture lorsqu'on est limité par la bande passante.
-Les systèmes plus généralistes, comme \ac{btrfs}, utilisent la compression surtout dans ce but
-et d'autres systèmes de fichiers, comme \ac{erofs}, sont même entièrement basés sur ce principe.
+Les systèmes plus généralistes, comme \btrfs, utilisent la compression surtout dans ce but
+et d'autres systèmes de fichiers, comme \erofs, sont même entièrement basés sur ce principe.
 
 
 \section{Stocker des données sur ADN}
@@ -316,8 +324,8 @@ Ce point est particulièrement bloquant pour un système de fichiers \emph{ReadW
 qui se base sur ces deux propriétés pour mettre à jour les fichiers et leurs métadonnées ainsi que pour récupérer de l'espace lorsque des fichiers sont supprimés.
 
 Cette problématique se retrouve sur d'autres systèmes de stockages, comme les bandes magnétiques ou les disques optiques.
-Elle est résolue par leur système de fichiers respectif, \ac{ltfs} \cite{pease2010linear} pour les bandes magnétiques et \ac{udf} \cite{optical2003universal} pour les CD et DVD non-RW.
-Dans les deux cas le système est basé sur la réécriture complète des blocs modifiés des fichiers ainsi que de l'index dans le cas de \ac{ltfs} ou de la Virtual Allocation Table dans le cas de \ac{udf}.
+Elle est résolue par leur système de fichiers respectif, \ltfs\ pour les bandes magnétiques et \udf\ pour les CD et DVD non-RW.
+Dans les deux cas le système est basé sur la réécriture complète des blocs modifiés des fichiers ainsi que de l'index dans le cas de \ltfs\ ou de la Virtual Allocation Table dans le cas de \udf.
 
 % ajouter un § par rapport aux coùt des écritures
 
-- 
cgit v1.2.3

